La comprensión de este problema requiere ciertos conocimientos acerca de las fuentes que han transmitido la obra de Bach. La Pasión según san Juan nos es conocida, ante todo, por un gran cúmulo de partituras vocales e instrumentales utilizadas por el maestro en sus diversas ejecuciones. Se constata la existencia de cuatro estratos, cada uno de los cuales representa una interpretación diferente del resto: las versiones I (1724, primera presentación de la Pasión, en Leipzig), II (1725), III (c. 1732) y IV (c. 1749, cerca ya del final de la vida de Bach).

Los estratos de las partituras y las ejecuciones que representan nos llevan a pensar en una definición funcional y práctica de “versión” de la Pasión según san Juan: una forma de la obra tal como fue interpretada bajo la dirección de Bach y según se documenta en un juego de particelas. En la práctica, la cosa no es tan sencilla, pues lo que se ha conservado no son cuatro juegos completos de voces sino, más bien, ejemplares sueltos de las partituras escritas para la Versión I (el resto se ha perdido); el núcleo del material guardado proviene de la Versión II, representada por un juego prácticamente completo. Bach no escribió nuevas partituras para las versiones III o IV, sino que se limitó a anotar las de la Versión II. Una versión no corresponde, por tanto, necesariamente a un juego de particelas, sino al estado de dicho juego en un momento determinado.

Aunque se ha perdido la partitura completa, disponemos de una copia manuscrita por el propio Bach iniciada a finales de la década de 1730, aunque no llegó a completarla y dejó la tarea en manos de un copista que la finalizó unos años más tarde. El ayudante efectuó una copia fiel de la sección que le correspondió, pero Bach, no contento al parecer con copiar sin más una música que había compuesto casi quince años antes, revisó la obra a medida que escribía introduciendo cambios, como era costumbre en él, en los diez primeros movimientos. Esta partitura representa, pues, una revisión de la Pasión según san Juan efectuada por el propio compositor, y podría decirse que se trata de una versión más de la obra. Pero estas revisiones no se escucharon nunca en vida de Bach, ya que las nuevas lecturas no llegaron a plasmarse en ninguna de las partituras orquestales utilizadas por el compositor, ni siquiera en las de la Versión IV, ejecutada después de la realización de la revisiones.

Al margen de que consideremos o no la música de la última partitura como una auténtica versión, disponemos de un cúmulo de posibilidades para interpretar la Pasión según san Juan. La versión conocida por la mayoría de los oyentes actuales se parece a la I (1724). Comienza con el coro “Herr, unser wohl” (en realidad, un aria coral, cuyo texto es paráfrasis poética de un salmo), y concluye con el aria coral “Ruht wohl” y una versión sencilla del coral “Ach Herr, lass dein lieb Engelein”. Entre los movimientos a modo de comentario distribuidos a lo largo del relato incluye varios recitativos sin acompañamiento y arias.