Durant ces années, sa carrière conjointe de soliste et de chambriste l'emmène dans de nombreux festivals, de Venise et de Salzbourg, de Tokyo à New-York. Il se produit alors en soliste avec l'Orchestre des Solisti Veneti, les ensembles de musique contemporaine 2E2M, Ars Nova et Archimusic, ainsi qu'en différentes rencontres de musique de chambre.

Il enregistre, entre autres oeuvres, le Concerto pour Hautbois et la symphonie concertante de Mozart, mais aussi le répertoire contemporain, avec Marges III de Frédéric Durieux.

Parallèlement, Jean-Pierre Arnaud contribue à la conception organologique de hautbois et de cors anglais (il est aujourd'hui associé à la marque Fossati), et il anime avec Florence Badol-Bertrand, musicologue, des concerts et des conférences sur l'histoire de ces instruments.

Jean-Pierre Arnaud, considérant qu'un instrumentiste est naturellement conduit à réfléchir et à agir sur le répertoire dans une vision élargie et renouvelée, fonde en 1993 l'ensemble Carpe Diem. Il décide alors, en quittant l'Orchestre de l'Opéra de Paris en 1995, de se consacrer à ce projet musical, qui va la rencontre d'autres artistes, instrumentistes, chanteurs d'opéras, chorégraphes, hommes de théâtre, compositeurs et improvisateurs.